Pagrindinės mokslinių tyrimų kryptys: Bažnytinis LDK menas, socialinė meno istorija, LDK kultūros istorija
Monografijos
Mecenatystės reiškinys XVII a. LDK. Bažnytinės architektūros užsakymai. Vilnius, VDA leidykla, 2003. P. 359 ISBN 9986-571-97-9.
Vilniaus miestas ir miestiečiai 1636 m.: namai, gyventojai, svečiai. Vilniaus dailės akademijos leidykla, 2006. P. 320. P. 16. Iliustr. ISBN 9955-624-71-X.
Mirtis LDK kultūroje XVI-XVIII a. Vilnius: Aidai, 2008. ISBN 978-9955-656-61-6.
Pažaislio vienuolyno statybos ir dekoravimo istorija. Vilnius: LKTI, 2013. P. 320. ISBN 978-9955-868-61-3.
Pažaislio eremas: kamaldulių vienuolyno istorija, Vilnius: Lietuvos kultūros tyrimų institutas, 2020. P. 376. ISBN 978-609-8231-25-0
Moksliniai straipsniai
Paslaptingojo Antakalnio riterio antkapis. Naujasis Židinys. 2005. Nr. 5. P. 173-179.
Rietavas. Bažnyčios istorija XVI-XIX a. Plungės dekanato sakralinė architektūra ir dailė. II-a knyga. Rietavas, Tverai, Kantaučiai, Lieplaukė, Medingėnai, Žlibinai. Vilnius, 2005. P. 13-17. ISBN 9955-624-22-1
Tverai. Bažnyčios istorija. Plungės dekanato sakralinė architektūra ir dailė. II-a knyga. Rietavas, Tverai, Kantaučiai, Lieplaukė, Medingėnai, Žlibinai. Vilnius, 2005. P. 60-68. ISBN 9955-624-22-1
Kantaučiai. Bažnyčios istorija: XVII a. – XIX a. vidurys. Plungės dekanato sakralinė architektūra ir dailė. II-a knyga. Rietavas, Tverai, Kantaučiai, Lieplaukė, Medingėnai, Žlibinai. Vilnius, 2005. P. 115-120. ISBN 9955-624-22-1
Lieplaukė. Bažnyčios istorija. Plungės dekanato sakralinė architektūra ir dailė. II-a knyga. Rietavas, Tverai, Kantaučiai, Lieplaukė, Medingėnai, Žlibinai. Vilnius, 2005. P. 159-164. ISBN 9955-624-22-1
Medingėnai. Bažnyčios istorija. Plungės dekanato sakralinė architektūra ir dailė. II-a knyga. Rietavas, Tverai, Kantaučiai, Lieplaukė, Medingėnai, Žlibinai. Vilnius, 2005. P. 213-216. ISBN 9955-624-22-1
Žemaitijos regiono katalikų bažnyčios. Kultūrinio landšafto raida Žemaičių aukštumoje. Sud. M. Iršėnas. Vilnius, 2004. P. 229-244. ISSN 1392-0316
Šventųjų kultai LDK XV-XVII a. pradžioje. Šventieji vyrai, šventosios moterys. Šventųjų gerbimas LDK XV-XVII a. Vilnius, 2005. P. 15-102. ISBN 9955-656-15-8.
Ankstyvasis LDK krikščionėjimo laikotarpis: XIV a. pabaiga – XVI a. vidurys. Krikščionybės Lietuvoje istorija. Sud. V. Ališauskas. Vilnius, 2006. P. 57-125. ISBN 9955-656-18-2.
Kazimiero vardas Lietuvoje XVII-XVIII a.: kelių parapijų pavyzdžiai. Šventasis Kazimieras istorijos vyksme. Įvaizdis ir refleksija. Sud. P. Subačius. Vilnius: LNM, 2006. P. 14-21. ISBN 9955-415-52-5.
Artysta. Kultura Wielkiego Księstwa Litewskiego. Analizy i szkice. Opr. V. Ališauskas, L. Jovaiša, M. Paknys, R. Petrauskas, E. Raila. Kraków: Universitas, 2006. P. 22-33. ISBN 83-242-0549-7.
Mecenat. Kultura Wielkiego Księstwa Litewskiego. Analizy i szkice. Opr. V. Ališauskas, L. Jovaiša, M. Paknys, R. Petrauskas, E. Raila. Kraków: Universitas, 2006. P. 334-343. ISBN 83-242-0549-7.
Śmierć. Kultura Wielkiego Księstwa Litewskiego. Analizy i szkice. Opr. V. Ališauskas, L. Jovaiša, M. Paknys, R. Petrauskas, E. Raila. Kraków: Universitas, 2006. P. 735-748. ISBN 83-242-0549-7.
Akmentašiai Vilniuje iki XVII a. vidurio. Dailės istorijos studijos. T. 2: Dailė LDK miestuose: Poreikiai ir užsakymai. Sud. A. Paliušytė. Vilnius: Kultūros, filosofijos ir meno institutas, 2006. P. 30-45. ISBN 9986-638-77-1.
Batakių Šv. Onos bažnyčia. Tauragės kraštas. Istorija, kultūra, meno paminklai. Sud. D. Klajumienė. Vilnius: VDA leidykla, 2007. P. 212-224. ISBN 978-9955-624-75-2.
Gaurės Šv. arkangelo Mykolo bažnyčia. Tauragės kraštas. Istorija, kultūra, meno paminklai. Sud. D. Klajumienė. Vilnius: VDA leidykla, 2007. P. 225-236. ISBN 978-9955-624-75-2.
Lomių Kristaus atsimainymo bažnyčia. Tauragės kraštas. Istorija, kultūra, meno paminklai. Sud. D. Klajumienė. Vilnius: VDA leidykla, 2007. P. 237-239. ISBN 978-9955-624-75-2.
Tauragės Švč. Trejybės bažnyčia. Tauragės kraštas. Istorija, kultūra, meno paminklai. Sud. D. Klajumienė. Vilnius: VDA leidykla, 2007. P. 269-282. ISBN 978-9955-624-75-2.
Wilno roku 1636 według “Rewizji gospód”. Lituano-slavica posnaniensia. Studia historica. T. 12. Poznań, 2007. P. 87-107. ISBN 978-83-7177-514-7.
Kolainių Švč. Mergelės Marijos Ėmimo į Dangų bažnyčia. Kelmės dekanato bažnyčios ir vienuolynai. Vilnius: VDA leidykla, 2008. P. 51-57. ISBN 978-9955-854-12-8.
Liolių Šv. Apaštalų Simono ir Judo Tado bažnyčia. Kelmės dekanato bažnyčios ir vienuolynai. Vilnius: VDA leidykla, 2008. P. 117-133. ISBN 978-9955-854-12-8.
Pakražančio Švč. Mergelės Marijos Apreiškimo bažnyčia. Kelmės dekanato bažnyčios ir vienuolynai. Vilnius: VDA leidykla, 2008. P. 171-177. ISBN 978-9955-854-12-8.
Užvenčio Šv. Marijos Magdalenos bažnyčia. Kelmės dekanato bažnyčios ir vienuolynai. Vilnius: VDA leidykla, 2008 P. 269-279. ISBN 978-9955-854-12-8.
Vaiguvos Šv. Jono Krikštytojo bažnyčia. Kelmės dekanato bažnyčios ir vienuolynai. Vilnius: VDA leidykla, 2008. P. 281-289. ISBN 978-9955-854-12-8.
Žalpių Šv. Benedikto bažnyčia. Kelmės dekanato bažnyčios ir vienuolynai. Vilnius: VDA leidykla, 2008. P. 309-313. ISBN 978-9955-854-12-8.
Historia diecezji wileńskiej: XIV-XVIII w. Skarbiec katedry wileńskiej. Red. Dariusza Nowackiego i Anny Saratowicz-Dudyńskiej, Warszawa: Arx Regia, 2008. P. 13-30. ISBN 978-83-7022-175-1.
Kult świętych na Litwie od XV do początku XVII wieku: efekt polityki Kościoła katolickiego czy przejawy odmienności kulturowej. Środowiska kulturotwórcze i kontakty kulturalne Wielkiego Księstwa Litewskiego od XV do XIX wieku. Red. U. Augustyniak, Warszawa: wyd. Neriton, 2009. P. 131-151. ISBN 978-83-7543-095-0.
Życie i męczeństwo św. Brunona w cyklu fresków w Pożajściu pod Kownem. Święty Brunon. Patron lokalny czy symbol jedności Europy i powszechności Kościoła. Red. A. Kopiczko. Olsztyn, 2009. P. 233-255. ISBN 978-83-98112-74-3.
Artyści w budowie kościoła Św. Piotra i Pawła i klasztoru kanoników laterańskich w Wilnie. Przemijanie i trwanie: kanonicy regularni laterańscy w dawnej i współczesnej Polsce. Red. K. Łatak i I. Makarczyk. Kraków, 2009. P. 411-420.
Šv. Brunono Kverfurtiečio freskos Pažaislio kamaldulių vienuolyne. LKMA metraštis. T. 32. Vilnius, 2009. P. 173-192.
Paskutinės Pakruojo klebono Boreckio 1675-ųjų Kalėdos. Naujasis Židinys-Aidai. 2010. Nr. 12. P. 487-490. ISSN 1392-6845.
The Frescoes of Saint Bruno of Querfurt in the Monastery of the Camaldolese Order at Pažaislis. Lithuanian Historical Studies. T. 14: 2009. Vilnius: LII leidykla, 2010. P. 11-26. ISSN 1392-2343.
Vilniaus Šv. apaštalų Petro ir Povilo bažnyčios Švč. Mergelės Marijos paveikslo istorija ir ikonografija. Atrasti Vilnių: skiriama Vladui Drėmai. Sud. G. Jankevičiūtė. Vilnius: Vilniaus dailės akademijos leidykla, 2010. P. 141-150. ISBN 978-609-447-000-4.
Fundatorių Pacų sarkofagai Pažaislyje. Dangiškieji globėjai, žemiškieji mecenatai. Sud. J. Liškevičienė [serija: Acta academiae artium vilnensis, 60]. Vilnius: Vilniaus dailės akademijos leidykla, 2011. P. 75-82. ISBN 978-609-447-015-8.
Vienuolių pareigos Pažaislio kamaldulių vienuolyne 1718-1756 m. Bažnyčios istorijos studijos. T. 5: Religinės bendrijos Lietuvos istorijoje: gyvenimas ir tapatybė. Vilnius: LKMA. 2012. P. 231-280. ISSN 1392-0502.
Šv. Kazimiero koplyčios karalių skulptūros. Ką apie jas žinome? Lietuvos kultūros karališkasis dėmuo: įvaizdžiai, simboliai, reliktai [serija: Acta academiae artium vilnensis. 65-66]. Sud. J. Liškevičienė, S. Maslauskaitė, G. Surdokaitė, Vilnius: Vilniaus dailės akademijos leidykla, 2012. P. 153-175. ISBN 978-609-447-068-4.
Kandidatai į kamaldulius: priėmimo į noviciatą XVIII a. viduryje Pažaislyje praktika, Pažaislio vienuolyno 350 metų istorija, sudarė M. Paknys, LKTI, 2014, p. 283-303. ISBN 978-9955-868-67-5.
Wczesny okres chrystianizowania się Wielkiego Księstwa Litewskiego (koniec XIV w. – pierwsza połowa XVI w.), Dzieje chrześcijaństwa na Litwie, pod red. V. Ališauskasa, Warszawa, Państwowy Instytut Wydawniczy, 2014, p. 56-102. ISBN 978-83-06-03345-8
Žemaitijos bažnyčių dailė ir architektūra Vincento Juzumo „Žemaičių vyskupijos aprašyme“, Bažnyčios istorijos studijos, t. VII, sudarė L. Jovaiša, Vilnius, Lietuvių katalikų mokslo akademija, 2014, p. 181-194. ISSN 1392-0502
Eustachijus Tiškevičius – Lietuvos vienuolynų tyrėjas, Eustachijus Tiškevičius: darbai ir kontekstai, sud. Ž. Būčys ir R. Griškaitė, Vilnius: Lietuvos nacionalinis muziejus, 2014, p. 131-143. ISBN 978-609-8039-55-9
Vilniaus bonifratų vienuolyno 1720 m. vizitacija, parengė Mindaugas Paknys, Lietuvių katalikų mokslo akademijos metraštis, t. 38, Vilnius, Lietuvių katalikų mokslo akademija, 2014, p. 287-298.
Rules, Magnates and Nobles, The Lithuanian Milennium. History, Art and Culture, ed. M. Iršėnas, Vilnius: Vilnius Academy of Art Press, 2015, p. 185-194.
The Towspeople and Their Communities, The Lithuanian Milennium. History, Art and Culture, ed. M. Iršėnas, Vilnius: Vilnius Academy of Art Press, 2015, p. 195-212.
Imiona zakonne kamedułów prowincji polsko-litewskiej w XVII i XVIII w., Kameduli w Warszwie 1641-2016. 375 lat fundacji eremu na Bielanach, pod red. K. Guttmejera i A. S. Czyż, Warszawa: Miasto stoleczne Warszawa, 2016, p. 433-448. ISBN 978-83-63269-30-2.
Realizacje Michelangelo Palloniego w Pożajściu, ze szczególnym uwzględnieniem cyklu fresków dotyczących życia bł. Bogumiła (nowe badania ikonografii przedstawień), Michelangelo Palloni, malarz fresków, pod red. Elżbiety Modzelewskiej, Warszawa, Muzeum Pałacu Króla Jana III w Warszawie, 2017, p. 55-81. ISBN 978 83-63580-90-2.
Tėvo Tiburcijaus 1754 metais vykdyta Lenkijos ir Lietuvos kamaldulių vienuolynų vizitacija, Lietuvių katalikų mokslo akademijos metraštis, t. 41, Vilnius, 2018, p. 29-72. 173-192. ISSN 1392-0502.
Pažaislio kamaldulių sodai, Sodai: tradicijos, įvaizdžiai, simboliai Lietuvos kultūroje, (serija: Acta Academiae Artium Vilnensis, 88-89) sud. R. Janonienė, VDA leidykla, Vilnius, 2018, p. 69-75. ISSN 978-609-447-295-4.
Pažaislio prie Kauno ir Antakalnio prie Vilniaus fundacijos: mecenatysčių panašumai ir skirtumai XVII a. antrojoje pusėje, in: Kauno istorijos metraštis, t. 20, 2022, p. 177-194. ISSN 1822-2617.
Kamojų parapinės bažnyčios biblioteka XVII a. viduryje, Senoji Lietuvos literatūra, t. 54, 2022, p. 169–196. ISSN 1822-3656 / eISSN 2783-6800.
Altorių spalvingumas ir ikonografija XVII a. pirmoje pusėje Vilniaus vyskupijos bažnyčiose, in: Vaizdas ir daiktas: ištakos, funkcijos, pėdsakai [Acta Academiae Acta Vilnensis, t, 110-111], sud. Giedrė Mickūnaitė, Vilnius, 2023, p. 100-120. ISSN 1392-0316 / eISSN 2783-6843.
Życie codzienne kamedułów w klasztorze pożajskim w oczach podróżnych w XVIII i na początku XIX wieku, Saeculum Christianum, t. XXXI, 2024, nr. 2, p. 153-163.
Vadovai
Pažaislis. Menas ir istorija. Teksto autorius ir bendrasudarytojas (kartu su E. Karpavičiumi) Vilnius, 2005. ISBN 9955-9650-4-5.
Vilnius Churches: a guide. Vilnius, 2005.
Przewodnik po kościołach Wilna. Wilno, 2005. ISBN 9955-619-50-3.
Vilniaus Šv. Petro ir Povilo bažnyčia bei Laterano kanauninkų vienuolynas Antakalnyje. Vilnius: VDA, 2007. P. 44: iliustr. ISBN 9955-624-48-5.
Kościół Św. Piotra i Pawła oraz klasztor kanoników lateraneńskich na Antokolu. Wilno, 2007. P. 44: ilustr. ISBN 9955-624-49-3.
La chiesa dei SS. Pietro e Paolo e il convento dei canonici lateranensi ad Antakalnis. Vilnius, 2007. P. 44: iliustr. ISBN 9955-624-73-6.
Lietuvos Didžiosios Kunigaikštijos dailės ir architektūros istorija: žymiausi menininkai. Vilniaus dailės akademijos leidykla, 2009. ISBN 978-9955-854-24-1.
Vilniaus katedra: istorija ir paminklai. Vilniaus katedros požemiai. Vadovas. Sud. S. Maslauskaitė. Vilnius, 2013. P. 7-11. ISBN 978-609-95148-7-1.
Recenzijos
Ko galima pasimokyti iš istorijos ir jos rašymo. Rec. kn. A. Bumblauskas. Senosios Lietuvos istorija 1009-1795. Vilnius, 2005. Knygų aidai. 2005. Nr. 2. P. 8-15.
Kitokia Vilniaus istorija. Rec. kn. A. R. Čaplinskas. Vilniaus gatvių istorija. Pilies gatvė. (serija:. Valdovų kelias, kn. 3). Vilnius, 2005. Knygų aidai. 2006. Nr. 1. P. 20-22.
Sugrįžusi atmintis: Kauno bernardinių istorija ir vienuolyno ansamblis XVI a. pab. – XIX a. Rec. kn. Vaida Kamuntavičienė, Aušra Vasiliauskienė. Sugrįžusi atmintis: Kauno bernardinių istorija ir vienuolyno ansamblis XVI a. pab. – XIX a., Kaunas, 2023. Kauno istorijos metraštis, 2024, t. 22, p. 241-246
Sudaryti ir parengti leidiniai
Šventieji vyrai, šventosios moterys. Šventųjų gerbimas LDK XV-XVII a. Vilnius, 2005. P. 332.
Pranciškonai Lietuvoje, provincijos veikla XVII–XIX a. (Serija: Studia Franciscana Lituanica, 2) Vilnius: Aidai, 2008. P. 135. ISBN 978-9955-656-51-1.
Žemaičių vyskupijos vizitacija 1675-1677 m. [serija: Lietuvos istorijos šaltiniai. T. 10] Parengė M. Paknys. Vilnius: Lietuvių Katalikų Mokslo akademija, 2011. P. 982. ISBN 978-9986-592-67-9.
Vincentas Juzumas, Žemaičių vyskupijos aprašymas, parengė M. Paknys (vertimas, komentarai, įvadinis straipsnis), Varniai, Žemaičių vyskupijos muziejus, 2013. P. 1078. ISBN 978-609-95591-0-0.
Pažaislio legendos ir tikrovė: vienuolyno XVIII-XIX a. aprašymai, parengė ir vertė Mindaugas Paknys, Vilnius, Lietuvos kultūros tyrimų institutas, 2014. P. 232. ISBN 978-9955-868-64-4.
Pažaislio vienuolyno 350 metų istorija, sudarė M. Paknys, Vilnius, LKTI, 2014. P. 376. ISBN 978-9955-868-67-5
Pažaislio kamaldulių vienuolyno XVIII-XIX a. vizitacijų aktai [serija: Lietuvos istorijos šaltiniai, t. XIV], parengė M. Paknys, Vilnius: LKTI, 2019. P. 246. ISBN 978-609-8231-12-0
Po Trakų Dievo Motinos karūna (Acta Academiae Artium Vilnensis, 90), sudarė M. Paknys, Vilnius: VDA leidykla, 2018. P. 276. ISSN 978-609-447-312-8.
Populiarūs straipsniai
Freski na Litwie, Miejsca święte, 2009. Nr. 3. P. 42-43.
Valdovai, didikai, bajorai, Lietuva 1009-2009, sud. A. Butrimas, R. Janonienė, T. Račiūnaitė, Vilnius, VDA leidykla, 2009. P. 185-193. ISBN 978-9955-854-53-1.
Miestiečiai ir jų bendruomenės, Lietuva 1009-2009, sud. A. Butrimas, R. Janonienė, T. Račiūnaitė, Vilnius, VDA leidykla, 2009. P. 195-201. ISBN 978-9955-854-53-1.
Straipsniai enciklopedijose, žodynuose
Lietuvos dailininkų žodynas XVI-XVIII a. Sud. A. Paliušytė. Vilnius, 2005. ISBN 9986-638-61-5.
Lietuvos katalikų dvasininkai XIV-XVI a. Parengė V. Ališauskas, T. Jaszczołt, L. Jovaiša, M. Paknys (serijoje „Bažnyčios istorijos studijos“. T. 2). Vilnius: Aidai, 2009. P. 459. ISBN 978-9955-656-75-.
