Pagrindinės mokslinių tyrimų kryptys: Tyrinėjo Lietuvos baroko sakralinę architektūrą ir dailę; šiuolaikinę bažnytinę dailę; baroko portreto meną; kultūros paveldo išsaugojimo ir tyrimų problemas
Monografijos
Kelionė į Ramybės kalną. Pažaislio kamaldulių vienuolyno dailės ikonologija. Kaunas: Vytauto Didžiojo universitetas; Vilnius: Versus Aureus, 2014.
Apytalaukio parapija. Mikrobendruomenės istorija. Vaida Kamuntavičienė, Laima Šinkūnaitė. Kaunas: VDU leidykla, 2012.
Lietuvos šventieji globėjai. Laima Šinkūnaitė, Algimantas Kajackas. Kaunas: Šviesa, 2010.
Kauno Šv. apaštalų Petro ir Pauliaus arkikatedra bazilika. Laima Šinkūnaitė, Vaida Kamuntavičienė, Rima Valinčiūtė-Varnė, Nijolė Lukšionytė-Tolvaišienė. Kaunas: Kauno arkivyskupijos muziejus, 2008.
Švč. Mergelės Marijos Ėmimo į dangų (Vytauto Didžiojo) bažnyčia: monografija. Laima Šinkūnaitė, Nijolė Lukšionytė-Tolvaišienė. Kaunas: Kauno arkivyskupijos muziejus. 2005.
Knygos
St. Georgskirche der Franziskaner (Bernardiner) in Kaunas. Kaunas: Hl. George Kloster, 2012.
Kaunas Franciskan St. George church. Kaunas: St. George convent, 2010.
Franciskański kościół Św. Jerzego w Kownie. Kaunas: Kowieński Konwent św. Jerzego, 2010.
Šv. Brunonas Kverfurtietis Pažaislio freskose. Kaunas: Kauno arkivyskupijos muziejus, 2009.
St.Bruno of Querfurt in frescos of Pažaislis. Kaunas: Kaunas Archdiocesan Museum, 2009.
Dvasingumo meninė raiška Lietuvos katalikų bažnyčių baroko dailėje. Habilitacijos procedūrai teikiamų mokslo darbų apžvalga. Humanitariniai mokslai, menotyra (03 H). Kaunas: VDU leidykla, 2009.
Kauno pranciškonų Šv. Jurgio bažnyčia. Kaunas: Kauno arkivyskupijos muziejus, 2008.
Moksliniai straipsniai
Kauno Šv. Jurgio Kankinio pranciškonų observantų vienuolyno varpinės bokštas: ikonografinis aspektas. Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystė moterų vienuolijos: tradicija ir dabartis. Kaunas: VDU leidykla; Vilnius: Versus aureus, 2014. P. 181–192.
Pažaislio bažnyčios kupolo daugiafigūrės freskos ikonografija kamaldulių vienuolyno visumos kontekste. Logos. 2013. Nr. (48) 76. P. 125–141.
Creation of Nicolaus Wolcet in Pažaislis Monastery: Reconstruction of Historic Reality. Soter. 2013. T. 47 (75). P. 113–128.
Kaunas’ Monumental Church of Christ’s Resurrection as unique XXTH c. phenomenon of cultural heritage. Aктуальные проблемы мировой художественной культуры. Часть 1. Гродно. ГрГУ им. Я. Купалы. 2012. С. 191–204.
Seinų Švč. Mergelės Marijos Apsilankymo bazilika: dailės ikonologija (kartu su Dalicja Kossa). Soter. 2012. Nr. 41. P. 117–140.
Pažaislio kamaldulių Švč. Mergelės Marijos su Kūdikiu gėlių vainike paveikslas kaip maldos ir tikėjimo kelrodis. Soter. 2012. Nr. 44 (72). P. 111–126.
Klemensą Čerbulėną prisimenant. Meno istorija ir kritika. T. 8: Erdvės ir laiko reprezentacijos mene. Pasaulėvaizdžiai, diskursai, artefaktai. Kaunas: VDU leidykla, 2012. P. 151–156.
Didžioji Kauno Kristaus Prisikėlimo bažnyčia kaip Lietuvos valstybingumo simbolis. Logos. 2011. Nr. 69. P. 184–200.
Josepho Saunderso pranešimas apie Simono Čechavičiaus tapybą. Meno istorija ir kritika. T. 7. Meno istorijos riboženkliai. Kaunas: VDU leidykla, 2011. P. 33–46.
Kauno Šventojo Kryžiaus bažnyčia: nereglamentuotas Via Crucis freskų ciklas. Logos. 2011. Nr. 66. P. 153–166.
Dvasingumo meninė raiška Pažaislio kamaldulių vienuolyno dailėje. LDK dvasingumas: tarp tradicijos ir dabarties. Kaunas: VDU leidykla, 2010. P. 45–74.
Nauji faktai apie Kauno arkikatedros bazilikos paveikslą Triumfuojančioji Bažnyčia. Soter. 2010. T. 34 (62). P. 197–208.
The basilica of the nativity of the blessed Virgin Mary in Šiluva: the iconology of art. Meno istorija ir kritika. T. 5. Šiluva Lietuvos kultūroje. Kaunas: VDU leidykla, 2009. P. 38–65.
Šiluvos bazilikos interjero dailė: idėjinės programos metmenys. Logos. 2009. Nr. 58, 59. P. 148–156, 113–124.
Šventojo Kazimiero koplyčia–baroko perlas. Lietuvos bažnyčios. Kaunas: Šviesos leidykla, 2009. P. 16–21.
Kauno arkivyskupijos Šv. apaštalų Petro ir Pauliaus arkikatedra bazilika. Lietuvos bažnyčios. Kaunas: Šviesos leidykla, 2009. P. 22–31.
Šiaulių vyskupijos Šv. apaštalų Petro ir Pauliaus katedra. Lietuvos bažnyčios. Kaunas: Šviesos leidykla, 2009. P. 38–41.
Pažaislio kamaldulių vienuolynas. Lietuvos bažnyčios. Kaunas: Šviesos leidykla, 2009. P. 96–105.
Švč. Mergelės Marijos Ėmimo į dangų (Vytauto Didžiojo) bažnyčia. Lietuvos bažnyčios. Kaunas: Šviesos leidykla, 2009. P. 106–109.
Šiluvos Švč. Mergelės Marijos Gimimo bazilika. Lietuvos bažnyčios. Kaunas: Šviesos leidykla, 2009. P. 152–161.
Tverų Švč. Mergelės Marijos Apsilankymo bažnyčia. Lietuvos bažnyčios. Kaunas: Šviesos leidykla, 2009. P. 171–175.
Smilgių Šv. Jurgio bažnyčia. Lietuvos bažnyčios. Kaunas: Šviesos leidykla, 2009. P. 180–183.
Šventojo Benedikto gyvenimo freskos Pažaislio kamaldulių vienuolyne. Benediktiškoji tradicija Lietuvoje. Vilnius: Aidų leidykla, 2008. P. 133–144.
Šiluvos bazilikos interjero dailė: idėjinės programos metmenys. Logos. Nr. 57. 2008. P. 179–189.
Tapatumo paieškos XVII a. portretinės dailės kontekste. Meno istorija ir kritika. T. 4. Menas ir tapatumas. Kaunas: VDU leidykla, 2008. P. 66–80.
Šventybrasčio Kristaus Atsimainymo bažnyčios sakralinės dailės paveldas. Česlovo Milošo žemė. Kaunas: VDU leidykla, 2007, 152–199.
Šventojo Benedikto gyvenimo freskos Pažaislio kamaldulių vienuolyne. Logos. Nr. 52. 2007. P. 133–144.
Pasijinė Kristaus ikonografija Pažaislio kamaldulių vienuolyne. Logos. Nr. 48. 2006. P. 166–174.
Unikalus Čenstakavos Švč. Dievo Motinos ikonos sekinys Kauno arkikatedroje. Soter. 2006. T. 19 (47). P. 205–226.
The Picture Lamentation of Our Lord. Barock im Baltikum und Andere studien des Ostseeraums. Homburger Gespräche. Heft 22. Kiel, 2006. P. 7–15.
Šventybrasčio Kristaus Atsimainymo bažnyčios dailės kaita ir ikonografija. Darbai ir dienos. 2006. Nr. 46. P. 215–240.
Pažaislio kamaldulių vienuolyno restauravimas: klaidos ir rezultatai. Meno istorija ir kritika. T. 1. Kultūros paveldas: prarastos vertybės, neišnaudotos galimybės. Kaunas: VDU leidykla, 2005. P. 82–89.
The picture of the Holy Virgin Mary of Trakai and its Imitations. Mãkslas vēsture & teorija. Riga: Publisher Institute of Art History of the Latvian Academy of Art, 2005. Nr. 4. P. 26–32.
Liudo Truikio sakralinė kūryba Kauno bažnyčiose. Liudui Truikiui–100. Sud. Racėnaitė R. Kaunas: Nacionalinis M. K. Čiurlionio dailės muziejus, 2005. P. 82–90.
Vadovėliai, metodinė literatūra
Kultūros politika. Sud. Nijolė Lukšionytė-Tolvaišienė, Laima Šinkūnaitė, Jolita Butkevičienė, Vaida Almonaitytė-Navickienė. Kaunas: VDU leidykla, 2007.
Moksliniai katalogai
Laima Šinkūnaitė. Žemaičių vyskupai ir jų portretai. Žemaičių vyskupų portretų galerija. Sud. Lijana Birškytė-Klimienė. Vilnius: Lietuvos nacionalinis muziejus, 2013. P. 5–14.
Laima Šinkūnaitė. Komuninė. Auksakalystė. Kn. 2: Pavieniai metalo dirbiniai. Lietuvos dailės muziejus, Vilnius, 2007. Kat. I. II. 30. P. 109.
Laima Šinkūnaitė. Mykolo Žilinsko dailės kolekcija. Kaunas: Nacionalinis M. K Čiurlionio muziejus, 2006. P. 57, 59, 89, 129, 169, 210, 216, 219, 285, 297, 324, 372, 417, 439, 545, 553, 577, 580, 582.
Vadovai
Kauno Kristaus Prisikėlimo parapija. Kaunas: Terra Publica. 2014. P. 128.
Sudaryti ir parengti leidiniai
Šiluva Lietuvos kultūroje. Meno istorija ir kritika. Nr. 5. Šiluva Lietuvos kultūroje. Sud. Laima Šinkūnaitė, Rima Valinčiūtė-Varnė. Kaunas: VDU leidykla, 2009.
Lietuvos bažnyčios. Sud. Laima Šinkūnaitė. Kaunas: Šviesa, 2009. P. 192.
153 įdomiausios Lietuvos bažnyčios. Sud. Laima Šinkūnaitė. Kaunas: Terra Publica, 2009.
Kauno Šv. apaštalų Petro ir Pauliaus arkikatedra bazilika: monografija. Sud. Laima Šinkūnaitė, Rima Valinčiūtė-Varnė. Kaunas: Kauno arkivyskupijos muziejus, 2008.
Straipsniai elektroniniuose leidiniuose
Šv. Jurgio (kankinio) bažnyčia – įstabus vėlyvosios gotikos paminklas. Bernardinai [interaktyvus]. 2013 06 17. Prieiga per internetą
Baroko kultūra Paparčiuose. Bernardinai [interaktyvus]. 2007.05.17 Prieiga per internetą
Populiarūs straipsniai
Vilemo Drosto „Nelaikyk manęs!“ (Noli me tangere!). Magnificat. 2013. Nr. 4 (38). P. 2–5.
„Švč. Mergelės Marijos su Kūdikiu“ paveikslas pivašiūnų bažnyčioje. Magnificat. 2013. Nr. 8 (42). P. 2-5.
Viršelio paveikslas. Švč. Mergelės Marijos išaukštinimas. Magnificat. 2012. Nr. 8 (30). P. 2-5.
Kristaus Prisikėlimo bažnyčia. Kauno savasties ženklai. Kauno apskrities viešoji biblioteka, 2009. P. 116– 124.
Pažaislio vienuolynas. Kauno savasties ženklai. Kauno apskrities viešoji biblioteka, 2009. P. 34–43.
Kauno Šv. apaštalų Petro ir Pauliaus arkikatedra bazilika. Kaunas, istorija, praeitis, dabartis. Kaunas: Šviesos leidykla, 2006. P. 95–99.
Švč. Mergelės Marijos Ėmimo į dangų (Vytauto Didžiojo) bažnyčia. Kaunas, istorija, praeitis, dabartis. Kaunas: Šviesos leidykla, 2006. P. 101–102.
Šv. Jurgio Kankinio bernardinų bažnyčia. Kaunas, istorija, praeitis, dabartis. Kaunas: Šviesos leidykla, 2006. P. 103–105.
Šv. Gertrūdos bažnyčia. Kaunas, istorija, praeitis, dabartis. Kaunas: Šviesos leidykla, 2006. P. 106–107.
Šv. Mikalojaus benediktinių bažnyčia. Kaunas, istorija, praeitis, dabartis. Kaunas: Šviesos leidykla, 2006. P. 108.
Švč. Trejybės bažnyčia. Kaunas, istorija, praeitis, dabartis. Kaunas: Šviesos leidykla, 2006. P. 109.
Šv. Pranciškaus Ksavero jėzuitų bažnyčia. Kaunas, istorija, praeitis, dabartis. Kaunas: Šviesos leidykla, 2006. P. 110–111.
Pažaislio kamaldulių vienuolynas. Kaunas, istorija, praeitis, dabartis. Kaunas: Šviesos leidykla, 2006. P. 112–115.
Perkūno namas. Kaunas, istorija, praeitis, dabartis. Kaunas: Šviesos leidykla, 2006. P. 116.
M. Žilinsko dailės galerija. Kaunas, istorija, praeitis, dabartis. Kaunas: Šviesos leidykla, 2006. P. 133–134.
Šventojo Benedikto gyvenimo freskos Pažaislio kamaldulių vienuolyne. Artuma, 2006. Nr. 4. P. 30–32.
Šventasis Juozapas: kultas ir ikonografija. Artuma, 2006. Nr. 6. P. 32.
An aura of Peace. Pažaislis church and monastery. Lithuania in the World. 2006. Vol. 14. P. 56–61.
Baroko architektūra kaimynų nepasirenka. (kartu su Rūta Kanopkaite, Regina Žukauskiene). Kauno diena. 2006 08 30. P. 17.
Liudo Truikio kūryba Kauno bažnyčiose. Artuma. 2005. Nr. 1 P. 11–14.
Jėzaus Kristaus Prisikėlimo bažnyčia Kaune: istorija ir esatis. Artuma. 2005. Nr. 4. P. 13–17.
Apie Pažaislio kamaldulių vienuolyno valgomąjį. Artuma. 2005. Nr. 7. P. 11–15.
Šventovė, apipinta legendomis, gyva ir šiandien (kartu su Nijole Lukšionyte-Tolvaišiene ir Rima Valinčiūte). XXI amžius. Nr.49. 2005 06 23. P. 4–5.
Straipsniai enciklopedijose, žodynuose
Belinskis Jonas; Koštovnas Jurgis; Merli Giovanni Batistta; Romanovskis Andriejus. Lietuvos dailininkų žodynas XVI–XVIII a. 2005. T. 1. P. 72, 158, 183, 228.
Šventasis Brunonas Bonifacas iš Kverfurto (974–1009); Vyskupas ir kankinys Šventasis Adalbertas Vaitiekus 956-997; Jėzuitas, misionierius Dievo tarnas Andriejus Rudamina 1596–1631; Šv. Jurgio kankinio Bernardinų bažnyčia. Lietuvos istorija: iliustruota enciklopedija. Kaunas: Šviesa, 2012. P. 10–11, 50, 175, 259.
Smulkioji spauda
Kauno Šventojo Kryžiaus bažnyčia. Lankstinukas, Šv. Kryžiaus bažnyčios parapija. 2006.
Laima Šinkūnaitė. Pažaislio kamaldulių vienuolynas. Lankstinukas, Lietuvos nacionalinė UNESCO komisija. 2006.
Informaciniai leidiniai Mokslinės konferencijos „Šiluva Lietuvos kultūroje“ tezės. Sud. Laima Šinkūnaitė. Rima Valinčiūtė. Kaunas, 2008.
Kryžių kalno istorija ir esatis: nuo kančios amžinosios būties link. Lietuvos kryždirbystė tarptautiniame kontekste. Tarptautinės mokslinės konferencijos pranešimų tezės. Kaunas, 2005.